新闻动态 |肉牛育种指数种猪育种指数种猪育种循环杂交
中枢提示：钻研开采出一款育种谋划与群体大数据模仿软件“SIMER”，该软件可能依照数目遗传学表面切确模仿差别杂乱水准遗传布景的多个世代基因型和拥有充足遗传参数的多性状表型大数据，疾捷便捷地辅帮育种者定造育种值评估模子和归纳采用指数等育种谋划。……（宇宙食物网-）
指日，华中农业大学猪基因组与育种团队钻研效率以“SIMER: an accurate and intelligent tool for simulating customizable population data across species in complex scenarios”为题正在Journal of Big Data揭晓。钻研开采出一款育种谋划与群体大数据模仿软件“SIMER”，该软件可能依照数目遗传学表面切确模仿差别杂乱水准遗传布景的多个世代基因型和拥有充足遗传参数的多性状表型大数据，疾捷便捷地辅帮育种者定造育种值评估模子和归纳采用指数等育种谋划。钻研挖掘，比拟现有模仿软件，SIMER拥有以下三个独有用力，一是目前独一完成了多种孳生形式的育种数据模仿东西，可能模仿人类、动物、植物和微生物的基因型数据；二是可能基于夹杂线性模子框架，应用用户指定的协变量、固定效应、随机效应、遗传力及遗传闭联等杂乱宗旨参数来精准模仿表型数据；三是拥有育种谋划订定和比力效力，可能帮力育种者优化育种计划。
行动毗邻遗传学表面与实践行使的桥梁，群体数据模仿是统计遗传学钻研范畴中的要紧闭键，加倍正在统计模子的精准性及稳固性测试方面表现弗成代替的效力。然而，精准的群体数据模仿存正在孳生形式差此表各物种基因型精准模仿、拥有杂乱遗传闭联的表型精准模仿和贴合临盆实践的精准育种谋划订定等三个挑衅。为应对上述挑衅，SIMER完成了克隆、随机交配、多元杂交等孳生形式，改进了遗传闭联多性状方差组分精准模仿算法，通过基因型模仿、表型模仿、群体模仿和育种谋划订定四大效力模块来知足遗传育种钻研和财富需求。
与同类东西比拟，SIMER的上风再现正在四个“精确”。即正在基因型模仿的“精确”上，SIMER内置了克隆、加倍单倍体孳生、自交、随机交配、废除自交的随机交配和用户指定系谱交配等单种类孳生形式和二元杂交、三元杂交、四元杂交和回交等多种类孳生形式用以精准复现拥有物种特异性的基因型数据；正在表型模仿的“精确”上，SIMER可能基于线性夹杂模子整合加性、显性和上位等遗传效应，以及协变量、固定效应、随机效应和长期情况效应，同时改进了方差组分模仿算法，比方利用奇妙值领会联合特点值领会的算法正在排除原始遗传效应间随坎阱联的根本上构修切确的多性状遗传闭联；正在群体模仿的“精确”上，SIMER可能活络指定世代数、基因频率散布等参数来精准模仿差别杂乱水准遗传布景的育种群体，用户可基于充足的群体参数来模仿拥有精细系谱音讯的多世代群体；正在育种谋划订定的“精确”上，SIMER通过比力用户订定的多个育种谋划的遗传起色来采用最佳安排，谋划实质包罗展开基因分型和表型测定的个别采用，优化育种值评估模子中协变量、固定效应和随机效应，以及安排多个宗旨性状的归纳采用指数。
SIMER尽力于供职人命科学钻研和育种实施。正在人命科学钻研范畴，SIMER可能供应蕴涵基因型和表型的群体大数据用以测试统计模子的精确性、稳固性及预备作用；正在育种实施范畴，SIMER通过育种谋划订定效力辅帮育种者优化育种值评估模子和归纳采用指数用以填补宗旨性状遗传增益及经济收益，也能辅帮育种者采用适当的个别实行基因分型和表型测定，大幅裁减育种本钱。
华中农业大学动物科学技巧学院、动物医学院博士钻研生殷东为论文第一作家，刘幼磊教学为论文通信作家，赵书红教学、李新云教学、尹立林钻研员插足并指引了该项就业。同时，武汉理工大学钻研生张轩宁、张浩浩等插足了该钻研。该钻研就业受到国度天然科学基金、湖北省国际科技协作项目、国度生猪财富技巧系统等项宗旨资帮。